1、 一般规定
食品工业洁净用房应按生物洁净室原则建设，以控制有生命微粒的污染为主要目的，以空气洁净技术为过程控制的重要保障条件，构造良好卫生生产环境。建有洁净用房的食品工厂的选址、设计、布局、建设和改造应符合食品洁净生产要求，大限度地避免污染、交叉污染、混料和差错的发生。厂区的生产环境应整洁，路面及运输不应对食品的生产造成污染，人、物流走向应合理。应有适当门禁措施，防止未经批准人员的进入。应保存建筑和设施的竣工资料。
2、总平面布置
建有洁净用房的食品工厂厂区内的建筑物的位置应满足食品生产工艺的需要，划分生活区和生产区；生产区中应明确区分洁净生产区、一般生产区和非食品处理区。生产过程中发生空气污染较严重的建筑，应建在厂区内常年多风向的下风侧。相互有影响的生产工艺，不宜设在同一建筑物内，当设在同一建筑物内时，各自生产区域之间应有有效的隔断措施。生产发酵产品应具备专用发酵车间。一般生产区应包括仓储用房、非洁净生产用房、外包装用房等。非食品处理区应包括动力、配电、机修等用房和空调冷冻机房等。
3、 洁净生产区
有无菌要求但不能够实行终灭菌的工艺和虽能实行终灭菌，但灭菌后有无菌操作的工艺，应在洁净生产区内进行。有良好卫生生产环境要求的洁净生产区，应包括易腐性食品、即食半成品或成品的后冷却或包装前的存放、前处理场所，不能终灭菌的原料前处理、产品灌封、成型场所，产品终灭菌后的暴露环境，内包装材料准备室和内包装室，以及为食品生产、改进食品特性或保存性的加工处理场所和检验室等。
洁净生产区应按生产流程及相应洁净用房等级要求合理布局。生产线布置不应造成往返交叉和不连续。
生产区内有相互联系的不同房间之间应符合品种和工艺的需要，必要时应有缓冲室等防止交叉污染的措施，缓冲室面积不应小于 3m2。
原料前处理（如切割、磨碎、烹调、提取、浓缩和稀配等）不得与成品生产使用同一洁净区域。
生产车间内应划出与生产规模相适应的面积和空间作为物料、中间产品、待验品和成品的暂存区，并应严防交叉、混淆和污染。
检验室宜独立设置，对其排气和排水应有妥善处理措施。对样本的检验过程有空气洁净要求时，应设洁净工作台。