必须仔细选择净化工程的各种用材，确保他们不会对室内造成污染。净化工程内经常使用的材料和设备举例如下：
1） 生产中使用的材料：在微电子T业中使用的硅晶片和工艺化学品，在药品工业中使用的配料及容器；在食品和化妆品工业中使用的各种配料，添加剂，填充剂等。
2） 产品包装材料：玻璃瓶，塑料瓶，塑料袋，预制的盒子等。
3） 工艺设备和机器
4） 对设备和机器进行维修，校准，修理的工具以及转动设备的润滑剂等。
5） 人员服装，如洁净工作服，手套，指套，口罩，头罩等。
6） 净化工程清洁用品:如抹布与拖把。
7） 消耗性用品：如书写纸张，圆珠笔，标签，棉签等。
根据净化工程公司生产的产品不同的情况与要求，对生产产品造成危害的主要污染物不外乎以下几种：固态，液态的粒子；微生物，化学品，静电，分子污染。
在大多数净化工程中粒子和纤维都是环境污染的主要来源。所以，应避免在生产工艺中使用容易破损或散发粒子的材料。其表面带有粒子和纤维的材料也应避免使用。医疗，食品，化妆品工业等生物净化工程中，微生物则是主要的污染物。在半导体工业中，产品表面的化学品和空气环境中的某些气体分子可能形成的化合物，会沉积在半导体的表面上，它们可能影响产品质量，甚至损坏半导体芯片。
在一些净化工程中，那些无法将静电不会传导开的材料，可能会因为静电荷的积累和放电使那些对静电敏感产品会受到损坏，此外，静电还会使材料产生静电吸附效应而吸附物。